Jesús Eguiguren participó y fue clave en los contactos previos que el PSE-EE realizó con miembros de Batasuna iniciados en 2002. Estos contactos, con la presidencia del Gobierno de José Luis Rodríguez Zapatero (PSOE), llevaron en 2006 a la declaración de un alto el fuego permanente de ETA y el denominado «proceso de paz».
Eguiguren fue el representante del gobierno en las negociaciones de Suiza y Noruega. Una vez consolidada la paz, se retiró de la política activa, para dedicarse a la enseñanza del Derecho Constitucional en Deusto.
Ha sido parlamentario vasco por el PSOE desde 1983 hasta 2012.
