La Universidad de Alcalá y el Recinto Histórico de la ciudad fue Declarado Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO en 1998. Dentro de la conformación de la explicación histórica en torno a la villa medieval, y el surgimiento de la Universidad en el s. XV, la Arqueología ha jugado un papel menor. Esta tesis supone una reflexión crítica sobre la evolución histórica de la villa de Alcalá de Henares a través de la Arqueología. La investigación del registro arqueológico del Centro Histórico ha sido un reto, no sólo por su aparente "ausencia" del foco del debate histórico, sino porque se trata de un espacio cultural en conflicto desde la contemporaneidad. Esta naturaleza, caleidoscópica, no permite una reflexión unívoca, obligando al menos a la presentación de todos los actores que han participado en la gestión del Patrimonio Arqueológico: el silencioso registro arqueológico, que se resiste a su simplificación, los proyectos de restauración, la profesionalización de la arqueología, la administración pública y su gestión del suelo, la historia local, la utilización de nuevas metodologías o técnicas ...
La investigación se ha apoyado en un importante aparato documental, que en la mayor parte de los casos permanecía inédito, conservado en el Archivo Regional de la Comunidad de Madrid, Archivo Histórico Nacional, Archivo General de la Administración-y el Municipal de Alcalá de Henares, especialmente útil para conocer la evolución de la muralla entre los siglos XVI-XIX.
Todo ello, ha permitido obtener un primer cuadro del registro medieval de la ciudad, al que también han contribuido el análisis de dos intervenciones: el convento de Mínimos de Santa Ana, y la efectuada en el Cuartel del Príncipe en el año 2009. El número de intervenciones arqueológicas que se aproxima a las dos centenas ofrece, un cuadro de la evolución de la arqueología en la ciudad y de la conformación de esta última a lo largo de la Edad Media (ss. VII-XV d. C.).
